本发明公开了一种基于神经肽Y5受体NPY5R基因鉴定鸭饲料利用率性状的分子标记及其方法和应用，所述NPY5R基因具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，所述分子标记为T或C，所述分子标记位于所述核苷酸序列的第782位。本发明利用PCR‑SSCP的方法来检测NPY5R基因的突变，根据基因型对鸭的饲料利用率性状进行选择，建立了一种家禽饲料利用率早期选择的育种方法，该法简单、快速、低成本、不需要特殊的仪器，适合实验的需要。