本发明提供了一种配电台区柔性电力电子装置的配置方法和系统，所述方法步骤如下：获取柔性电力电子装置的设备参数、以及柔性电力电子装置所在配电台区的分布式电源出力数据和负荷数据；根据分布式电源出力数据和负荷数据建立平衡约束条件和不等式约束条件；根据柔性电力电子装置的设备参数、平衡约束条件和不等式约束条件构建柔性电力电子装置的优化模型；根据柔性电力电子装置优化模型对配电台区的柔性电力电子装置进行配置。本发明能够在保证配电台区柔性电力电子装置安全稳定运行的情况下，优化配电台区柔性电力电子装置各端口以及储能单元的配置容量，进而能够降低成本，提高建设经济性。