本发明提供一种拟态系统内部网络设计方法及系统，包括以下步骤：当接收到所述调度器发送的新规约生成指令后，获取需要更换通信规约的模块，并确定所述模块参与的所有通信链路；根据预设替换规则从规约库中提取至少一个异构网络元素替换现有通信规约里对应的子元素，生成新通信规约，并按照预设协议报文格式生成新规约消息发送至调度器；调度器接收到新规约消息后，将新规约消息按照原来的通信链路传输至拟态系统中的其他模块，以使各模块的路由表加载新通信规约，完成新路径的切换。本发明在不借助外部环境的情况下，动态改变拟态构造系统内部网络架构，在保证内部通信的单线性的同时，增加了内部网络的可变性，提高了内部网络的安全性和普适性。