本发明公开了一种豹纹鳃棘鲈的SSR标记及其扩增引物和应用，属于分子生物学技术领域。本发明提供了如SEQIDNO.1～10所示的SSR标记及其扩增引物，所述SSR标记多态性强、杂合度高，对采集于不同来源的16个个体进行遗传多样性分析即获得14～18个等位基因，在对遗传多样性较低的群体(如增殖放流群体)进行评估时具有优势；引物扩增稳定、重复性好，因此本发明的SSR标记及其扩增引物应可用于豹纹鳃棘鲈遗传多样性分析、种群鉴定和增殖放流效果评估方面。