本发明提供一种灵活接地系统单相高阻接地故障识别、保护方法及装置，所述故障识别方法包括以下步骤：步骤1、实时采样故障数据，得到母线零序电压序列和各馈线零序电流序列；系统检测到单相高阻接地故障后，投入并联小电阻；步骤2、基于步骤1采集的母线零序电压序列和馈线零序电流序列，得到母线暂态零序电压序列和各馈线暂态零序电流序列；步骤3、基于步骤2得到的母线暂态零序电压序列和各馈线暂态零序电流序列，计算各馈线的评估过渡电阻值；步骤4、将步骤3得到的各馈线的评估过渡电阻与整定阈值进行比较，根据比较结果，判定出故障线路。辨识出故障线路后，随即切除故障线路。本发明实现简单，适用性强。