本发明公开了一种实现基于量子傅里叶变换的安全多方量子计算的方法，包括服务器与n个客户端P1，P2，…，Pn，客户端Pi各有一个秘密数字xi，其中xi∈{0，1，…，N}，i＝1，…，n；客户端Pi持有秘密序列Ai，其中且服务器制备N+1个d级n粒子纠缠态|ω>j，并将|ω>j中的粒子发送至客户端Pi；当j＝xi时，客户端Pi对粒子进行幺正操作U(1+aij)，当j≠xi时，客户端Pi对粒子进行幺正操作U(aij)，并将操作后的粒子返给服务器；服务器测量粒子记录测量结果为计算计算得到秘密数字xi在所有秘密数字中从小到大的序号；或计算得到所有秘密数字xi的和。利用本发明，可以实现安全的量子秘密求序号与求和计算，并能有效降低客户端操作的复杂度。