本申请实施例提供一种配电网馈线自动化故障处理方法、系统及电子设备，够实现对线路故障的快速稳定处理，可靠性强。所述方法包括：在馈电线路的多个区段间设置磁控开关连接形成多级级差；对多个磁控开关间的无线通信状态进行监测；无线通信状态正常时对多个所述磁控开关进行协同控制，将所述馈电线路中的故障区段进行故障隔离；无线通信状态异常时，根据级差分合闸控制策略对多个所述磁控开关进行协同控制，将所述馈电线路中的故障区段进行故障隔离。所述系统包括线路级差设定模块、通信连接检测模块与协同控制模块。所述电子设备包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行以执行配电网馈线自动化故障处理方法的计算机程序。