本发明公开了一种基于模型解释的规则式应用流量分类方法及系统，该方法包括用于构建阶段和分类阶段；构建阶段包括：对已知类型的应用流量样本进行统一处理；对深度学习模型进行训练调优；通过基于模型解释的方法对训练调优后的深度学习模型进行分析，并对模型解释结果进行规则筛选，得到分类规则集；分类阶段包括：对待分类的应用流量统一处理；对待分类应用流量进行策略匹配，输出判别结果。本方法及系统通过将深度学习模型从训练数据中自动学习到的知识以带权规则的方式来表征，并在此基础上使用策略规则匹配进行应用流量分类，从而实现了高准确率、高效率的应用流量分类。