本发明公开了一种凹凸棒石黏土改性复合肥的制备方法，包括：提供复合肥料颗粒；将改性凹凸棒石和成膜剂与水混合，配制成包膜浆料；将包膜浆料喷涂于复合肥料颗粒表面，干燥，得到所述的凹凸棒石黏土改性复合肥，所述改性凹凸棒石表面经2‑氨基‑5‑巯基‑1,3,4‑噻二唑改性的凹凸棒石。与未改性的凹凸棒石相比，本发明采用改性凹凸棒石制备的凹凸棒石黏土改性复合肥可显著改善肥料养分的缓释效果，改善土壤的容重，孔隙度，透水性，蓄水能力，保水性能和对重金属离子的钝化能力，提高作物产量及品质。