本发明公开了一种功能聚酯生产系统、生产方法及功能聚酯纤维，功能聚酯生产系统包括聚酯主生产系统和功能聚酯低聚物连续制备系统；聚酯主生产系统包括依次连接的酯化单元、预缩聚单元和终缩聚单元，功能聚酯低聚物连续制备系统包括设置在酯化单元和预缩聚单元之间的具有高压注入装置的连续反应釜和低聚物混合器，功能粉体浆料由高压注入装置经浆料进口喷射到釜体内，与位于釜体内的部分聚酯低聚物实现快速地均匀混合，有效避免了功能粉体之间的团聚，提高了功能聚酯的性能，由该生产系统生产的功能聚酯的压滤值FPFPV不大于0.2bar/g，有利于改善功能聚酯的纺丝性能，适用于生产高品质纤维和薄膜等产品。