本发明涉及费托合成技术领域，公开了一种费托合成系统及其开工方法和费托合成催化剂的在线置换方法，该方法包括：(1)将待活化的催化剂与还原性气体引入气固流化床活化反应器中进行还原反应，得到活化催化剂；将活化催化剂直接输送到费托合成反应器中；或将活化催化剂先输送到储料罐中存储，然后再输送到费托合成反应器中；或将活化催化剂先输送到储料罐中存储，然后再输送到装有液体石蜡和/或重柴的浆液罐中，与同时通入的氮气和/或合成气混合形成浆液，然后将浆液压入费托合成反应器中；(3)将活化催化剂或浆液与通入的合成气接触进行费托合成反应，得到气体、重质蜡和渣蜡。本发明提供的费托合成系统的开工时间更短，运行更灵活。