本发明公开了一种基于图傅里叶变换的电网故障诊断方法和系统，涉及电网故障诊断领域，解决了现有的诊断方法的诊断精度不足和容错性差的问题，其技术方案要点是：获取电网的录波启动数据；根据录波启动数据构建原始图模型；对原始图模型的边进行变换构建冲突图模型；计算冲突图模型的节点信号和边权重；根据节点信号和边权重计算冲突图模型的全局方差；采用图傅里叶变换计算冲突图模型的特征向量和图傅里叶变换系数；根据节点信号、特征向量和图傅里叶系数计算冲突图模型中各支路的重要度值；重要度值最大的支路被诊断为故障支路；本发明仅利用录波启动信息即可实现电网故障的快速诊断，具备实用性强，故障识别精度高，容错性好的优点。