本发明公开了一种基于图神经网络的碳排放流追踪方法。所述追踪方法根据目标输配电网络的拓扑信息、输配电线路及设备参数、电网内用户位置、各发电设施位置及该设施的碳电效率对电网运行状态进行随机仿真，生成满足实际情况的碳流追踪结果样本，对母线‑线路神经网络进行训练，该神经网络可在不同规模的网络样本间进行迁移，因此本发明方法具有较强的泛用性和可拓展性；就可以根据电网内用户用电数据和发电厂实时发电量，实时计算电网内各用户所间接产生的碳排放以及输配电线路及设备能量损失所产生的碳排放。本发明方法可以有效减少碳流追踪所需的计算速度和计算过程中所用到的数据，可为碳电市场的有效运行提供更高效节能的运行依据。