本发明提供了一种基于信息论检测新冠病毒谱系间重组的方法，包括：将待查询谱系序列构建一致性序列并标记每个位点含量最大的碱基和对应比例；将谱系序列和其他参考谱系序列进行合并后执行多重序列比对，获得alignment序列文件；选择是否保留alignment序列文件中的gap位点，提取多态位点；计算每个谱系序列在每个多态位点提供给查询谱系序列的重组贡献值；计算每个谱系序列在滑动窗口内的位点平均重组贡献值，检测来自潜在亲本的重组片段；拼接潜在亲本上的连续和离散的重组片段为重组区域，并检验重组区域是否为假阳性；通过参考谱系序列中的多态位点和重组贡献值搜寻重组区域边界潜在的重组断点。