本发明涉及一种两级并网光伏系统低电压穿越控制方法及系统，其特征在于，包括：获取并网光伏系统的运行数据；根据获取的并网光伏系统的运行数据，得到低电压穿越过程中并网光伏系统对电网输出的无功电流参考值；计算低电压穿越期间逆变器输出最大电流时的有功功率，并得到低电压穿越过程中并网光伏系统对电网输出的有功电流参考值；将计算的有功功率作为前馈参数发送至前级升压变换器，得到光伏阵列的输出电流指令，并根据得到的光伏阵列的输出电流指令，控制逆变器的工作，完成并网光伏系统的低电压穿越控制，本发明可以广泛应用于新能源发电并网控制领域中。