本发明揭示了一种耐酸性双层结构纳滤膜及其制备方法和应用。所述耐酸性双层结构纳滤膜包括超滤膜、具有刚性共轭结构的聚酰胺层和修饰层，所述聚酰胺层原位形成于所述超滤膜表面，所述修饰层包括接枝于聚酰胺层表面的强负电性聚合物链；其中，所述聚酰胺层的孔径为0.3‑2mm，厚度为5‑100nm；所述修饰层的厚度为5‑30nm。本发明提供的耐酸性双层结构纳滤膜及其制备方法和应用，修饰层与酰胺层结合的双层膜各层级分子结构明确，空间排布层次分明，分子组分和制备过程可以精确调控；制备的纳滤膜在强酸性环境中长时间浸泡可以保持结构稳定性，因此，在强酸性环境中长时间浸泡后仍能够保持对盐的分离性能不变，能够长期在酸性环境中使用。