一种采用柔性连接方式的大尺寸预制混凝土垫块结构水中转移方法，包括预制平台、若干浮箱，首先垫块和浮箱均在预制平台上建造，通过垂直缆绳和斜拉缆绳分别连接浮箱地令与垫块预埋吊点和浮箱吊耳与垫块预埋吊点，两两浮箱之间通过水平缆绳连接；将预制平台充水下沉，使垫块与浮箱整体起浮牵引到指定位置后，往浮箱内充水，垫块与浮箱整体下沉直至坐底；解开浮箱与垫块之间的缆绳，浮箱单独转移至预制平台区域进行下一个垫块的转移。本发明利用浮箱的充排水功能实现垫块与浮箱整体的起浮与下沉，且浮箱可重复使用；垂直缆绳、斜拉缆绳、水平缆绳形成的柔性连接系统，既可以提高结构整体的稳定性，又不会因为约束刚度太大而造成主体结构的破坏。