本发明公开了一种多源异构三维模型数据处理方法及系统，其包括：解析模块，对输入的模型文件进行解析，读取节点、几何、纹理和属性数据，并分别赋予Id值，读取模型文件中的计算结果数据；汇聚整合模块，对解析后的模型数据进行汇聚整合，并通过Id值将几何数据、纹理数据和属性数据与节点数据进行关联，计算结果数据写入各自节点数据中；数据库构建模块，构建数据库，对处理后的模型数据进行存储。采用本发明，可以将不同类型的多源异构三维模型数据进行解析和汇聚整合处理，并将处理后的数据使用相同的数据库存储架构进行存储，提供了只用一个工程数字化软件平台就可以对原始的多源异构三维模型数据进行集中加载、展示与交互的解决方案。