本发明公开了基于基础数据采集模型的工程数字化审计数据处理方法，包括：建立在线审计系统，包含带有身份核验的移动采集设备和设于服务器的系统后台；所述移动采集设备通过人脸识别和特征反射校验以确认操作人员的用户身份编码，并基于基础数据采集模型获取该操作人员导入的审计数据，其中每次特征反射校验对应一个特征码；将特征码和用户身份编码拼接，以拼接结果作为密钥加密审计数据并上传系统后台；系统后台需要解密审计数据时，调取负责该审计数据的操作人员的用户身份编码，并从移动采集设备获取对应特征码，拼接生成密钥后进行解密。本发明改进了身份核实过程，保障审计数据具有对应的真实责任人，消除在线审计时数据不可信的问题。