本发明提供了一种基于深度学习的转录因子结合位点定位方法，包括：将与转录因子结合的DNA序列进行one‑hot编码，获取数据集，基于k折交叉验证的方法将所述数据集划分训练集和测试集；基于全卷积网络构建FCNARRB+模型，设置损失函数与评价指标；基于所述训练集与所述损失函数对所述FCNARRB+模型进行训练，训练后的所述FCNARRB+模型用于定位转录因子结合位点，并通过所述测试集与所述评价指标对训练后的所述FCNARRB+模型的定位结果进行测试评价。本发明引入了核苷酸级别的分类模型，实现了转录因子结合位点的精准预测定位。