本发明公开了一种基于波形相似度的高阻接地保护方法、系统及介质，S1、对零序电流启动值赋值；S2、采集各条线路零序电流数据，当某条线路的零序电流值的一定倍数大于零序电流启动值时，保护启动，进入S3；当各条线路的零序电流值的一定倍数均不大于零序电流启动值时，重复S2；S3、采集小电阻接地配电系统发生单相接地故障后出线的零序电流波形，根据Pearson相关系数进行零序电流波形的相关性分析，得到相似度矩阵R和各条线路的平均相似度；S4、平均相似度最小的线路为故障线路；本发明只利用各条线路出线的零序电流信息，进行两两相关性分析，得到每条线路的平均相似度，进而选择出故障线路，不受过渡电阻影响，实现对高阻接地故障的可靠保护。