本发明提供了一种小电阻接地系统故障差动保护方法、系统、介质及设备，按照设定间隔检测零序电流突变量有效值；按照预设周期获取三相相电流；计算和相邻终端的三相相电流相量差，利用三相相电流相量差，计算三相相电流相量差的有效值中的最大值，计算三相相电流相量差的有效值中的最小值；计算所述最大值与所述最小值之比K，当满足K大于整定值，判断故障发生在该相邻终端间的区段上，差动保护动作，否则差动保护不动作。本发明利用零序电流作为制动量，相邻终端利用相电流信息实现差动保护，减少了负荷波动及线路负荷投切的影响，整定简单，高阻故障时保护动作的灵敏性及可靠性较高。