本发明涉及生物技术领域，提供了一种丛枝菌根真菌扩繁方法及其在缓解魔芋连作障碍中的应用，包括以下步骤：步骤一、丛枝菌根真菌菌剂的扩繁利用魔芋在灭菌处理的刺槐腐叶土和河沙的混合物基质中扩繁丛枝菌根真菌，所述的丛枝菌根真菌为根内根生囊霉，扩繁后得到含有魔芋根段、丛枝菌根真菌孢子和菌丝的风干基质即为丛枝菌根真菌菌剂，所述丛枝菌根真菌根内根生囊霉菌剂产孢量为84个/cm3。本发明中的丛枝菌根真菌是能与魔芋根系共生的真菌，这与现有的用于魔芋促生防病的生防细菌、生防放线菌等菌株不同。接种丛枝菌根真菌菌种使其与魔芋根系形成共生体系，有利于提高重茬和非重茬魔芋的抗病能力及成活率，减少化学农药的使用量，提高魔芋产量和改善植株磷营养，缓解魔芋连作障碍。