本发明公开了一种薄壁金属选区磁力振动搅拌摩擦焊接装置，通过旋转电机主轴驱动的搅拌头，摩擦焊接装置还具有固定在搅拌头上的脉动磁场发生器；脉动磁场发生器，朝向待焊接薄壁金属件的端部设有高频感应线加热线圈M和三相线圈模块，以为薄壁金属件焊接区域加热及提供高频振动磁场；三相线圈模块，具有相位依次相差120°的三个独立供电电源A、B、C，而且A、B、C的三相电源之间相序和频率可调。本发明的磁力振动搅拌摩擦焊接装置及其焊接方法，保证了薄壁金属件焊接周向的温度均匀性以及脉动磁场的均匀性，并且使焊缝组织晶粒均匀细化，显著薄壁金属件的焊接性能，可以进行连续操作，能制备出长尺寸的待焊工件，提高其成材率。