本发明公开了一种水合双草酸根钯(Ⅱ)酸的制备方法，包括以下步骤：将钯粉用王水溶解并赶硝后得到氯亚钯酸溶液，再用氢氧化钠将氯亚钯酸转化成四羟基钯酸钠；四羟基钯酸钠与草酸反应得到水合双草酸根钯酸沉淀，经过滤、洗涤、烘干后得到纯度≥99.95％的水合双草酸根钯酸(Ⅱ)。本发明中起始原料普通且易得，其他辅料价格便宜，可降低生产成本；另外，该方法不仅避免了氯离子、硝酸根离子的残留，还降低了产物中不溶物的夹杂残留。本发明方法在常压低温下进行，工艺简单、易于控制，反应产率高(>95％)，产物纯度高(≥99.95％)，适用于水合双草酸根钯(Ⅱ)酸的批量和工业化生产。