本发明提供一种抗环境扰动的空冷型燃料电池阴极控制方法，属于新能源发电技术领域，具体根据空冷型燃料电池电堆的参考温度‑电流曲线和保护活化电阻‑电流曲线，分别获得负载电流值对应的参考温度和保护活化电阻值，将电堆温度调节至参考温度，实时测量电堆的活化电阻值；若活化电阻值快速向对应保护活化电阻值逼近，并且有超过保护活化电阻值的趋势，则降低对应参考温度，重复直至活化电阻值趋于平稳，实现对空冷型燃料电池的阴极控制。本发明通过在参考温度控制的基础上，引入与环境条件相关的保护活化电阻值，获得一种抗环境扰动的控制方法，能够有效避免电堆电压衰减，延长电堆使用寿命，有利于与具体的工程应用相结合。