本发明提供了一种基于通信网络的光伏孤岛保护方法及系统，包括步骤：防孤岛微机装置进行第一次孤岛检测；判断第一次孤岛检测的结果是否符合第一孤岛特征标准；防孤岛微机装置下发指令，使逆变器在电网中产生扰动量；防孤岛微机装置进行第二次孤岛检测；判断第二次孤岛检测的结果是否符合第二孤岛特征标准，若光伏发电系统出现孤岛效应，则断开光伏发电系统与电网的连接，并且控制逆变器停止运行。本发明通过第一次检测标准作为主动式检测的切换依据，又以第二次检测标准作为最终孤岛保护动作的最终判定依据，一方面能够避免光伏发电系统长时间向电网注入扰动带来的电能质量破坏，另一方面可保证孤岛检测的速度和准确性。