本发明属于水处理技术领域。本发明提供了一种循环冷却系统电化学杀菌的方法，本发明在循环冷却水中投加阻垢缓蚀剂，使循环水在高盐条件下运行，盐度大于等于7‰；可提高下一步电解的效率和杀菌效果，替代化学杀菌剂的投加。本发明将获得高盐冷却水进行电解，水中的氯离子在电解过程中可以被氧化成强氧化性基团，具有杀菌作用。本发明通过投加阻垢缓蚀剂和电解的方式相结合，极大的提高了对循环冷却水系统的处理效果，减少化学杀菌药剂的使用，可降低循环水的氨氮、COD，改善系统水质，减少设备腐蚀。