本发明涉及一种数字PCR荧光检测装置，包括激发光源模块、滤波模块、载物模块及成像模块，激发光源模块包括安装座、二向色镜及多个单色光源，安装座的一端设有出射口，多个单色光源相互平行或垂直设置于安装座的另一端，二向色镜与单色光源呈45°设置，多个单色光源的光线经二向色镜透射或者反射至出射口射出；滤波模块包括底座及与底座转动连接的转盘，转盘设有多个滤波组件；载物模块设置于底座的一侧，成像模块设置于底座的另一侧。整体结构紧凑简单，体积小，对于实现实时实地检测有一定的推进作用；通过转盘设多个周向布置的滤波组件，提高检测通量。