本发明公开了一种与猪总产仔数性状相关的lncRNA因果突变位点及其应用，该突变位点位于如SEQ ID NO.1所示的猪lnc‑NORHA基因核心启动子的第33位碱基上，该位点为C>G单碱基突变，该位点在母猪群体中存在CC和CG 2种基因型，CC型经产母猪总产仔数比CG型母猪高。本发明所述突变位点与总产仔数性状显著关联，采用简便的基因分型技术检测该位点，便可在早期选留高繁后备母猪，这对高繁后备母猪的早期精准选择、减少后备母猪群体规模以节本增效、保障繁殖猪群和后续商品猪群生产性能，以及在非瘟常态化条件下降低风险等具有重要价值。