本发明公开了小麦最大根长QTLQMrl.sau‑3D连锁的SNP分子标记及其应用，涉及小麦分子遗传育种领域。该SNP分子标记与QMrl.sau‑3D共定位于小麦基因组的3D染色体长臂上，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQIDNO.16所示，所述SNP分子标记的36bp处存在C/T突变。本发明提供的SNP分子标记KASP‑Mrl‑sau1与小麦最大根长QTLQMrl.sau‑3D紧密连锁，能准确跟踪所述小麦最大根长QTLQMrl.sau‑3D，预测小麦的最大根长特性，能够显著提升对小麦最大根长的选择鉴定效率，能够迅速筛选出具有较长根长的小麦品种或品系，加快小麦分子遗传育种的进程。