本发明公开了用于有机分析仪器的不锈钢疏水耐磨纳米膜的制备方法，包括如下步骤：步骤1：表面预处理；步骤2：表面微结构生成；步骤3：表面网状二氧化硅层生成；步骤4：低表面能化学修饰。本发明首先，对不锈钢表面进行预处理，除油、酸活化；然后，进行表面预镀铬、着色氧化、电解固膜，形成致密金属氧化物层，并暴露缺陷与硅羟基活性点；随后配制一定浓度的封闭打底试剂，通过浸泡、加热固化、表面去有机基团等，形成与不锈钢表面硅羟基相连的均匀致密网状结构的二氧化硅亲水打底层；最后，浸泡在低表面能试剂溶液中进行化学修饰。本发明制备的不锈钢表面具有缺陷少、致密均匀、疏水性佳、低VOC残留的优点。