本发明公开了一种立管柔性接头S‑lay在线安装施工方法，包括以下步骤：对柔性接头进行检查和准备工作；将柔性接头与作业线上的预制接长管进行对中、焊接工作，对焊缝位置进行无损探伤以及外表面涂层处理；安装拖拉封头，并进行外部背压测试检查密封性；安装应变控制过渡装置，应变控制过渡装置通过钢缆动力连接于绞车；向前移船并同步释放预制接长管，监控柔性接头通过船艉和托管架滚轮过程，避免出现卡顿；直至将柔性接头放置海底，解除钢缆的连接，完成柔性接头的安装过程。本发明通过柔性接头安装工艺、应变控制过渡装置解决柔性接头通过作业线时局部应力集中问题，可以极大提高安装作业效率、降低作业风险、节约工程造价。