本发明提供了一种活体鱼称重的方法及系统，该方法包括步骤1：通过称重设备获取活体鱼的跳动频率，根据跳动频率确定称重时间，采用该称重时间对活体鱼进行称重，获得鱼的标准重量；步骤2：将活体鱼落在称重设备上的重量作为鱼的初始重量，将该初始重量存储起来，采集活体鱼在称重设备上的多个重量数据作为鱼的临时重量，临时重量与初始重量比较，将小于初始重量的临时重量剔除，将剩余的临时重量进行平均运算得到鱼的有效重量；步骤3：判断有效重量是否等于标准重量，如是，那么计数器清零，将标准重量作为鱼的实际重量，然后执行步骤5，否则执行步骤4；步骤4：计数器加1，判断计数器是否大于上限，如是，那么计数器清零，将有效重量作为鱼的实际重量，然后执行步骤5，否则执行步骤2；步骤5：将鱼的实际重量展示给用户。本发明的有益效果是：本发明的方法能够快速准确的称出活体鱼的重量，解决了现有技术的问题，值得推广应用。