本发明公开了一种RUE界定城市河网水华程度方法及其应用，属于蓝藻水华界定技术领域。包括以下步骤：预先设定关于城市河网水华程度的至少一个界定阈值和关于城市河网水华程度的待采样信息；基于所述待采样信息，构建城市河网采样模型；利用所述城市河网采样模型获取水体样品；对所述水体样品进行数据采集，得到关于城市河网的信息库；基于所述信息库，计算得到当前城市河网的生物资源利用效率；将所述生物资源利用效率与界定阈值进行比较分析得到比较结果，基于所述比较结果，判定城市河网水华程度。本发明中藻类RUE与藻密度相关性显著，藻类RUE与蓝藻水华暴发成正相关，藻类RUE值越高，水华暴发风险越高。