本发明公开了核电变压器冷却系统自动停运方法及系统，其方法包括：S10、获取核电变压器的实时监测信号；S20、根据实时监测信号判断所述核电变压器区域是否发生火灾，或根据核电变压器中的断路器位置判断核电变压器是否处于停运状态，若任一判断结果为是则执行步骤S30，否则返回到所述步骤S10；S30、生成冷却系统停运信号。实施本发明能够提高核电变压器的火灾监测系统的准确性和可靠性，以降低冷却系统误停运的风险，在确定变压器区域发生火灾时，能够及时使冷却系统自动停运，避免火势趋势矿大和蔓延，进而避免事故和损失扩大。