本发明公开了一种双源蒸发数据治理提升方法、系统及存储介质，涉及蒸发量数据获取技术领域。具体步骤为：构建双源数据集；根据所述双源数据集，构建所述双源数据集的完整率矩阵；在所述完整率矩阵的基础上，构建所述双源数据集的代表性相关矩阵；结合所述代表性相关矩阵构建蒸发换算系数矩阵，将所述双源数据集换算为单源数据集；基于所述单源数据集，判断数据是否缺失，若缺失，则构建修正系数矩阵进行数据插补，否则结束计算。本发明通过水面蒸发量折算系数，进而了一套完整且具有系列代表性及较高精度的长序列水面蒸发量数据，具有极高的科学研究以及实践应用价值。