本发明涉及一种单像素光谱成像测量基自适应优化排序方法及系统，涉及单像素光谱成像领域，方法包括：获取图像数据集和第一参数；所述第一参数包括分辨率和采样率；根据所述分辨率构建Hadamard矩阵；对所述图像数据集进行预处理，得到数据矩阵；将所述数据矩阵和所述Hadamard矩阵相乘得到测量矩阵；将所述测量矩阵依次进行位置索引计算和拼接，得到索引矩阵；根据所述索引矩阵和所述第一参数确定索引向量；根据所述采样率、所述索引向量和所述Hadamard矩阵确定自适应编码矩阵。本发明通过对编码矩阵进行自适应优化来降低成像时间，提高成像和重构的效率。