本发明提供一种能量路由器的高压直流故障穿越控制方法及系统，该方法包括：判断高压直流侧发生极对极短路故障时，切换为电流限流模式；在高压直流故障穿越期间，能量路由器依据计算的高压交流侧有功电流指令和无功电流指令为高压交流电网提供支撑；对能量路由器的高压侧相电容电压进行PI调节控制，将不平衡功率分配给基于零序电压注入的相功率平衡控制器；判断j相上、下桥臂输出电压参考值出现过调制时，切换为基于负序电流注入的方法。本发明能够适应能量路由器的多控制模式、多端口功率控制等复杂工况，在高压直流故障穿越期间限制高压直流电流的同时，实现能量路由器的相间电容电压的平衡，保障能量路由器在故障期间的安全运行。