本发明公开了一种适用于海底电源的可扩展辅助电源系统及其控制方法，只用一根高绝缘母线连接所有的高压侧辅电单元和低压侧辅电单元，实现了各个辅电单元的相互绝缘。本发明中，各个辅电单元结构相同，且采用单母线连接的方式使得本发明的辅电系统可扩展性很高，可以适用于不同电压等级和功率等级的海底电源以及其他相似结构的中压直流变换器中。本发明可以通过取电电路从海底电源内部本地取电，然后转换为功率模块控制单元和总体控制单元所需的辅电，无需外部供电或者控制。相比于从中压直流输入海缆上取电的方式的辅电系统，本发明结构简单，可靠性高。