本发明涉及一种基于EMC的加速器地线系统及设计方法，其包括：通用地网，设置在通用设备侧，为所述通用设备的主接地网，所述通用设备经配电室的低压配电系统与所述通用地网连接，实现安全接地；工艺地网，就近敷设在工艺配电设备附近，为所述工艺配电设备的主接地网，所述工艺设备经接地箱与所述工艺地网连接，所述工艺地网通过所述接地箱实现差异化接地；接地井，用于连接所述通用地网与所述工艺地网，实现述通用地网与所述工艺地网之间的高频隔离、工频联合，并作为接地测试点。本发明能兼顾安全防护和电磁兼容性能，可以在加速器电磁兼容和接地领域中应用。