本发明提供一种高韧性的聚硅氧烷复合涂料及其制备方法，包括：(1)取双酚A型环氧树脂、熔融石英微粉、分散剂和溶剂混合，高压高速分散处理，(2)加甲基聚硅氧烷树脂，调节压力，高压加热搅拌混合，缓慢加入纳米二氧化钛，保压提升搅拌速度；(3)加入钛白粉和硫酸钡混合，研磨处理，加入助剂，得有机分散混合料丙；(4)向有机分散混合料丙中，加入氨基硅烷与环烷酸钴的混合物，混合均匀，即得聚硅氧烷复合涂料；本发明利用二级高压分散处理下制备获得的聚硅氧烷复合涂料VOC含量低，不仅固化速率明显改善，而且具备耐碱性和柔韧性高，耐冲击力强等力学性能，可广泛应用于桥梁钢构、管道等工业涂料中。