本发明公开了一种专利索引数据库的数据迁移方法和系统，涉及数据库间的数据同步技术领域。其中，方法包括：TRS数据库服务器将TRS文件发送至ES数据库服务器；ES数据库服务器从TRS文件解析出多条专利数据；如果目标专利数据的来源库存储有超过阈值的专利数据，则建立所述目标专利数据与所述来源库的库名的对应关系；将对应关系中的库名转换为分片路由Routing，将多条专利数据导入到对应Routing的数据分片中。本发明将专利数据从TRS数据库中批量迁移到ES数据库中，且保证迁移后各数据分片的均衡。