本发明公开了一种电子文档数据定密与保护的方法，该方法包括：运行登录商密软件开辟虚拟存储空间，并开启安全桌面；在所述安全桌面环境内进行文档定密，不同密级显示不同密级图标；在所述安全桌面环境内进行文档传递，实现授权用户安全访问定密文档；如果商业秘密软件电子文档数据泄露，对流失文档进行定位。本发明方法解决了传统商业秘密电子文档数据难以做到有效管控、被恶意拷贝泄露等问题，使用本发明方法能够利用工具完成数据定密与保护，同时辅以企业专项管理制度，实现对商业秘密电子文档数据的定密与保护管理。