本发明涉及一种船舶传染性疾病防控送风系统及方法，系统的新风回路中包括空气预处理及杀菌装置、除湿转轮、第一海水冷却器、第二海水冷却器、第三紫外线杀菌器、第二风机和电动风阀；再生风回路中包括第一电磁三通风阀、第二电磁三通风阀、冷凝器、废气换热器、第一紫外线杀菌器、第二紫外线杀菌器、第一风机。本发明可以根据传染病防护要求，控制处理风及再生风的来源，并进行紫外线杀菌，同时可以根据船舶的运行状态，选择船舶废气或利用海水源热泵吸收海水中的热量对吸附材料进行再生，实现了船舶内部空气无病毒流通，且运行费用较低，安全可靠。