本发明涉及水利水电工程技术领域，具体涉及一种水下浮式平板闸门分层取水系统，安装在水库取水口处，包括：基座侧墙，安装在水流方向的至少一侧；叠梁门本体，沿竖直方向滑动安装在基座侧墙上；平板闸门本体，与基座侧墙垂直，平板闸门本体沿竖直方向滑动安装在基座侧墙上，平板闸门本体与基座侧墙之间安装有升降装置，平板闸门本体包括相互垂直设置的挡水部和拦水部，挡水部与叠梁门本体平行，拦水部设于挡水部与叠梁门本体之间。通过平板闸门本体在叠梁门本体上方对取水高度进行控制，实现了在动水工况下对叠梁门本体高度的调节和对取水层的调节，缩短了叠梁门本体高度调节所需的时间，消除了叠梁门本体高度调节时对电力调度的影响。