本发明公开了一种土石围堰与混凝土围堰连接结构及其施工方法，包括土石围堰和混凝土围堰，土石围堰的纵断面内铺设第一土工膜，混凝土围堰的土石围堰接触面上沿高度方向布设一系列锚杆，且各锚杆水平设置；锚杆上安装预埋钢板，预埋钢板上依次铺设第二土工膜和压片钢板，预埋钢板和压片钢板用紧固件连接成一体；第一土工膜延伸至预埋钢板，并与第二土工膜的一侧无缝连接，第二土工膜的另一侧与混凝土围堰无缝连接；土石围堰和混凝土围堰之间浇筑混凝土形成土工膜连接墙，混凝土覆盖锚杆、预埋钢板、第一土工膜及压片钢板。本发明增强了土石围堰与混凝土围堰的整体性，可适用于高水头防渗，在施工质量与施工速度上相较于传统方法更具优势。