本发明公开了一种绘制高精度水底地形与淤泥厚度双界面分布图的方法，其技术方案包括以下步骤：步骤S1：单频测深仪放入水中发出信号；步骤S2：多频测深仪放入水中发出信号；步骤S3：采集单频测深仪的声波信号，处理之后得水深数据记为H1，采集多频测深仪的声波信号，处理之后得水深数据记为H2；步骤S4：校正H1数据；步骤S5：重复步骤上述S1‑S4得到淤泥深度数据H3；步骤S6：根据各个空间点的H1计算得水底网格文件和同一点位的H3计算得淤泥厚度网格文件；步骤S7：将水底网格文件和淤泥厚度网格文件拟合，得到水深泥厚双界面分布图，本发明的优点在于单频测深仪与多频淤泥探测仪进行相结合，通过两者数据的迭代修正，提高异常点的校正精度。