本发明公开了一种南瓜籽油微胶囊，由以下重量份数的原料制成：10～15份南瓜籽油、4～6份南瓜籽蛋白纳米颗粒、5～7份亚麻籽胶、1～2份壳聚糖；本发明具有载油量高，表面油含量低，包埋率高，过氧化值低，且酸价低的有益效果；本发明还公开了一种南瓜籽油微胶囊的制备方法，包括以下步骤：步骤一、将南瓜籽蛋白纳米颗粒配制成第一溶液，将亚麻籽胶和壳聚糖配制成第二溶液；步骤二、将南瓜籽油加入第一溶液中，均质得第一乳浊液；步骤三、将第一乳浊液加入第二溶液中，均质得第二乳浊液，步骤四、进行喷雾干燥，即得；本发明能够进一步降低南瓜籽油微胶囊的表面油含量、过氧化值和酸性，以及提高包埋率，有利于提高微胶囊化的效率和效果。