本发明涉及一种农业面源污染的控制方法，属于环保技术领域；该方法包括以下步骤：S1、将农业面源污染源与吸附剂混合后，得预处理废水；S2、将镁源添加至所述预处理废水中，收集液相得处理后废水；收集固相得粗制鸟粪石；S3、将粗制鸟粪石酸洗后，即得；所述农业面源污染源为含磷废水；所述吸附剂为生物炭、石墨烯复合改性鸟粪石。本发明的农业面源污染源中含有Cu、Zn、Pb、Ni和Cd等重金属元素；同时还含有氨氮和磷酸根；本发明的方法，通过添加镁源，与农业面源污染源中氨氮和磷酸根结合形成鸟粪石；实现了对农业面源污染源中氨氮和磷酸根的回用；同时还制得的高纯度的鸟粪石。